Helen Brooke Taussig chào đời tại Cambridge, Massachusetts vào ngày 24 tháng 5 năm 1898 trong gia đình Frank W. Taussig và Edith Thomas Guild. Ngoài Helen thì gia đình này còn có ba con nữa. Cha của ba là một nhà kinh tế tại Đại học Harvard và mẹ là một trong những sinh viên đầu tiên của Trường Radcliffe, một trường đại học nữ. Khi Helen được 9 tuổi, mẹ của cô bị nhiễm bệnh lao. Bản thân Helen cũng bị nhiễm lao và bị bệnh trong vài năm. Căn bệnh đã ảnh hưởng trầm trọng đến khả năng học tập của cô. Helen cũng gặp rất nhiều khó khăn trong những năm đầu đi học vì chứng đọc khó của mình.[2] Helen tốt nghiệp Trường Nữ Sinh Cambridge vào năm 1917,[cần dẫn nguồn] và tiếp tục học hai năm tại Trường Radcliffe trước khi lấy bằng cử nhân của Đại học Berkeley, California vào năm 1921. Sau đó Helen học mô học, vi trùng học, và giải phẫu học ở cả Trường Đại học Y khoa Harvard và Đại học Boston mặc dù không có trường nào trong hai trường này cho phép cô nhận bằng.[2] Helen bị phân biệt đối xử nặng nề trong lớp mô học. Tại đây, cô bị cấm nói chuyện với các bạn học nam do sợ bị "lây nhiễm".[3] Khi còn là sinh viên giải phẫu học tại Đại học Boston năm 1925, Taussig đã công bố bài báo khoa học đầu tiên của mình về cơ tim cùng với Alexander Begg. Taussig sau đó nộp đơn vào Trường Đại học Y Khoa Johns Hopkins và được chấp nhận là sinh viên chính thức.[2] Taussig nhận bằng y khoa năm 1927 tại John Hopkins. Cũng tại đây bà tiếp tục học thêm một năm về tim mạch và hai năm nội trú nhi khoa.[4] Trong thời gian ở Hopkins bà nhận được học bổng Fellow Archibald kéo dài từ năm 1927 đến 1930.[2]

Sau đó, trong quá trình hành nghề của mình, BS Taussig bị mắc chứng điếc. Bà phải học kỹ thuật đọc môi và cần đến các phương tiện trợ thính để có thể giao tiếp với bệnh nhân của mình. Do chứng điếc nên bà sử dụng các ngón tay để cảm nhận nhịp tim nhiều hơn là sử dụng ống nghe.[4]